Ochrona gatunkowa ma na celu zapewnienie przetrwania i zachowanie właściwego stanu ochrony dziko występujących w Polsce i Unii Europejskiej, rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk i ostoi. Celem tej ochrony jest także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej. Zadania polegające na ochronie ostoi i stanowisk roślin lub grzybów albo ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt mogą być realizowane przez tworzenie stref ochrony.

Gatunki chronione
Aktualne listy gatunków chronionych, jak również obowiązujące zakazy w stosunku do tych gatunków, określają następujące rozporządzenia:

• rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt
• rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin
• rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów

Programy ochrony gatunków zagrożonych wyginięciem
Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska opracowuje programy ochrony zagrożonych wyginięciem gatunków roślin, zwierząt i grzybów (zgodnie z art. 57 ustawy o ochronie przyrody). Stanowią one dogłębną analizę stanu populacji danego gatunku, identyfikację zagrożeń, zawierają także ocenę dotychczasowych sposobów ochrony. Więcej informacji o programach ochrony gatunków.

Formularze wniosków o wydanie zezwolenia Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska na odstępstwo od zakazów w stosunku do gatunków chronionych

• wniosek o wydanie zezwolenia na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków grzybów objętych ochroną
• wniosek o wydanie zezwolenia na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków roślin objętych ochroną
• wniosek o wydanie zezwolenia na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków zwierząt objętych ochroną

Zgłoszenie przypadkowego schwytania, zabicia lub znalezienia martwego lub rannego osobnika gatunku chronionego

• formularz zgłoszenia przypadku schwytania, zabicia lub znalezienia martwego lub rannego osobnika należącego do gatunków chronionych

Wytyczne dotyczące ochrony gatunkowej

• Opinia Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w sprawie stosowania modułow z kolcami w celu odstraszania ptakow
• Informacja dotycząca płoszenia gatunkow chronionych urządzeniami hukowymi
• Informacje w zakresie stosowania przepisów dot. ochrony gatunkowej roślin, zwierząt i grzybów w ramach realizacji przedsięwzięć współfinansowanych przez Unię Europejską
• Opinia Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska na temat właściwej metody oraz terminu inwentaryzacji pachnicy dębowej w alejach przydrożnych
• Wytyczne Komisji Europejskiej w sprawie ścisłej ochrony gatunków zwierząt ważnych dla Wspólnoty na mocy Dyrektywy siedliskowej 92/43/EWG (wersja polska)
• Rekomendacje w zakresie zapobiegania i rozprzestrzeniania się chorób rodzimych gatunków płazów i gadów
• Opinia GDOŚ "Wycinka drzew lub krzewów a ochrona gatunkowa"
• Folder informacyjny pt. Dzikie zwierzęta chronione – sytuacje konfliktowe

Filmy – jak postępować gdy widzimy nieprawidłowości dotyczące ochrony gatunkowej

• Płoszenie ptaków w miejscach ich gniazdowania
• Niszczenie siedlisk zwierząt chronionych podczas wycinki drzew
• Niszczenie miejsc lęgowych ptaków podczas termomodernizacji

Opracowania zlecone przez Generalną Dyrekcję Ochrony Środowiska w zakresie ochrony gatunkowej

• Aktualizacja listy gatunków grzybów objętych ochroną gatunkową oraz wskazania dla ich ochrony
  ZAŁĄCZNIK: Analiza spełnienia kryteriów kwalifikujących do ochrony przez poszczególne gatunki grzybów
• Aktualizacja listy gatunków zwierząt objętych ochroną gatunkową oraz wskazania dla ich ochrony
  ZAŁĄCZNIK: Analiza spełnienia kryteriów kwalifikujących do ochrony przez poszczególne gatunki zwierząt
• Aktualizacja listy gatunków roślin objętych ochroną gatunkową oraz wskazania dla ich ochrony
  ZAŁĄCZNIK: Analiza spełnienia kryteriów kwalifikujących do ochrony przez poszczególne gatunki roślin

Opracowania zlecone przez Generalną Dyrekcję Ochrony Środowiska w ramach realizacji Konwencji Berneńskiej

• Potrzeba restytucji wybranych gatunków roślin zagrożonych wyginięciem w celu wzmocnienia ich dziko występujących populacji wraz z analizą zasobów ogrodów botanicznych pod kątem posiadania tych gatunków
• Wpływ napowietrznych sieci elektroenergetycznych średniego i wysokiego napięcia, w tym również kolejowych sieci trakcyjnych, na ptaki
• Ocena wpływu zmian klimatu na różnorodność biologiczną oraz wynikające z niej wytyczne dla działań administracji ochrony przyrody do roku 2030

Dokumenty Konwencji Berneńskiej przyjęte przez strony konwencji (polskie wersje językowe)

• Ochrona ptaków przed liniami energetycznymi - praktyczny przewodnik
• Europejski plan działań na rzecz ochrony chomika europejskiego
• Europejska Karta Łowiectwa i Różnorodności Biologicznej
• Rekomendacja nr 173 (2014) Stałego Komitetu, przyjęta w dniu 5 grudnia 2014 r. w sprawie hybrydyzacji między dzikimi wilkami (Canis lupus) a psami domowymi (Canis lupus familiaris)
• Wytyczne dotyczące planów zarządzania populacjami dużych drapieżników
• Wpływ zmian klimatycznych na gatunki flory w Europie
• Wpływ zmian klimatu na gatunki bezkręgowców w Europie, z odniesieniem do gatunków narażonych określonych w Konwencji Berneńskiej
• Rekomendacja nr 168 (2013) Stałego Komitetu w sprawie Europejskiej Karty Zbierania Grzybów i Bioróżnorodności