Żółw błotny Emys orbicularis objęty jest ochroną ścisłą oraz wymaga czynnej ochrony, a także wyznaczania stref ochronnych. Ponadto jako gatunek bardzo wysokiego ryzyka, silnie zagrożony wyginięciem, wpisany jest do Polskiej czerwonej księgi zwierząt oraz wymieniony jest w załącznikach II i IV Dyrektywy Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory.

Na terenie ostoi siedliskowych Natura 2000 położonych we wschodniej Lubelszczyźnie; Lasy Sobiborskie PLH060043, Dobromyśl PLH060033, Pawłów PLH060065, Torfowisko Sobowice PLH060024 na zlecenie Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Lublinie prowadzona jest czynna ochrona populacji tego gatunku.

Polega ona m.in. na:

• poprawie warunków siedliskowych poprzez remonty urządzeń piętrzących wodę w pobliżu lęgowisk oraz usuwaniu zadrzewień i zakrzaczeń zacieniających miejsca lęgowe, 
• zabezpieczaniu siatkami metalowymi gniazd żółwia błotnego przed drapieżnikami (m.in.: lisem, jenotem, borsukiem) oraz przenoszeniu wylęgających się młodych osobników do najbliższych zbiorników wodnych, 
• redukcji nadmiernej liczebności lisów niszczących gniazda żółwia poprzez odstrzał redukcyjny,
• poznanie i ochronę sezonowych tras migracji żółwi poprzez założenie nadajników telemetrycznych wybranej części populacji żółwia błotnego.

Dzięki podjętym zabiegom ochronnym ograniczono bardzo wysokie straty w okresie lęgowym, wynoszące na niektórych lęgowiskach nawet 100%.

• zabezpieczono siatkami łącznie 381 gniazd Emys orbicularis,
• śledzono trasy migracji 19 dorosłych osobników żółwia błotnego, którym założono nadajniki telemetryczne,
• poprawiono warunki świetlne na 2 zespołach lęgowisk poprzez oczyszczenie z drzew i krzewów około 2 ha powierzchni,
• wykonano remont 420 m grobli na stawach spełniających kluczową rolę w ochronie żółwia błotnego oraz wyremontowano jedyny mnich odprowadzający wodę z jednego z najważniejszych stawów.

Dawne stawy położone są w centralnej części rezerwatu przyrody Żółwiowe Błota (Obszar Natura 2000 Lasy Sobiborskie PLH060043) i spełniają obecnie wyłącznie funkcje ekologiczne m.in. w utrzymaniu właściwych stosunków wodnych oraz zachowaniu miejsc przebywania, a zwłaszcza zimowania żółwi błotnych. Zły stan techniczny większości urządzeń piętrzących oraz grobli (liczne wyrwy, nory bobrowe, obniżenie korony grobli przez którą przepływała woda) groził przerwaniem grobli pod naporem wysokiego poziomu wód gruntowych i utratą wody ze zlewni. Skutki takiego zdarzenia były by dla środowiska przyrodniczego tej ostoi trudne do przewidzenia.

Prace ochronne prowadzone są w ramach projektu „Ochrona siedlisk przyrodniczych i gatunków na obszarach sieci Natura 2000 w województwie lubelskim" POIS.05.01.00-00-228/09 współfinansowanego przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko.