Termomodernizacje budynków to duże zagrożenie dla ptaków i nietoperzy. Podczas wykonywania prac niszczone są miejsca gniazdowania i schronienia tych zwierząt. Docieplenia wykonywane są często w okresie wiosenno-letnim, a więc w pełni okresu lęgowego ptaków. W trakcie termomodernizacji zatykane są pęknięcia w ścianach i szczelinach, a otwory prowadzące do stropodachów zamykane są kratami.

Co roku do Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Bydgoszczy wpływają liczne zgłoszenia dotyczące niszczenia siedlisk lęgowych ptaków i schronień nietoperzy podczas prac dociepleniowych budynków. Kratowane są także wyloty szybów wentylacyjnych. Ponadto wiele wniosków o zezwolenie na odstępstwa od zakazów ochrony gatunkowej zawiera liczne błędy i wymaga znacznych uzupełnień.

W trosce o ptaki i nietoperze Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Bydgoszczy przeprowadza cyklicznie warsztaty pn. „Ochrona ptaków i nietoperzy podczas prac remontowych i dociepleniowych budynków". Spotkania organizowane są przy współpracy z prezydentami i burmistrzami miast w województwie kujawsko-pomorskim i adresowane są do urzędników, spółdzielni mieszkaniowych, policji, straży miejskiej oraz organizacji pozarządowych zajmujących się ochroną przyrody.

24 lutego 2012 r. pracownicy Wydziału Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000 Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Bydgoszczy w siedzibie Urzędu Miasta Inowrocławia przeprowadzili po raz trzeci w tym roku ww. warsztaty. W czasie spotkania zostały omówione podstawy biologii ptaków i nietoperzy zasiedlających budynki, przepisy ustawy o ochronie przyrody, rozporządzenia w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt, ustawy Prawo ochrony środowiska i Prawo budowlane.

W trakcie szkolenia wskazywano najczęstsze problemy w zakresie ochrony zwierząt podczas remontów, a także sposoby prowadzenia prac w zgodzie z prawem oraz wymaganiami ptaków i nietoperzy. Na spotkaniu wyświetlono fotografie i filmy dokumentujące przypadki łamania przepisów o ochronie gatunkowej oraz omawiano przykłady problematycznych spraw prowadzonych przez Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Bydgoszczy.

W warsztatach udział wzięli m.in. pracownicy Urzędu Miasta Inowrocławia, Administracji Wspólnot Mieszkaniowych, Kujawskiej Spółdzielni Mieszkaniowej w Inowrocławiu, Przedsiębiorstwa Gospodarki Komunalnej i Mieszkaniowej w Inowrocławiu, Komendy Powiatowej Policji w Inowrocławiu, a także przyrodnicy.

Spotkania z administracją samorządową odbywają się cyklicznie, tj. raz lub dwa razy w miesiącu. Kolejne warsztaty zaplanowano na 9 marca 2012 r. w Urzędzie Miasta Brodnicy.